Recrutements

Sujet de Master 2 proposé dans l'équipe Dubuquoy (1)

Bioremédiation des métaux lourds par des microorganismes alimentaires naturels et des bactéries du microbiote intestinal

description du projet : La bioremédiation in vivo consiste à limiter la biodisponibilité des éléments métalliques toxiques au niveau des muqueuses digestives pour en réduire l’accumulation dans l’organisme. Il est établi que des bactéries alimentaires ont une certaine affinité pour des métaux toxiques par des mécanismes passifs d’adsorption/séquestration, mais aussi par des processus actifs non élucidés, illustrant le concept «Probiotiques versus Xénobiotiques» [1]. Les bactéries du genre Lactobacillus ont montré une bonne aptitude à séquestrer les cations du plomb, du cadmium et des preuves d’efficacité vis-à-vis d’expositions aiguës ou chroniques ont été établies chez la souris, et plus récemment chez l’homme. Ces potentiels de détoxication sont très spécifiques selon les genres bactériens, mais aussi entre les souches au sein d’une même espèce. La biodiversité des bactéries commensales humaines offre aussi un large éventail de microorganismes à fort potentiel de bioremédiation, encore peu exploré. Le projet de Master 2 Recherche consistera à (i) identifier des microorganismes à forte capacité de captation vis-à-vis de quatre contaminants métalliques (Pb, Cd, As et Al) et (ii) en évaluer la performance protectrice dans des modèles précliniques, chez la souris.

[1]. Monachese et al. Bioremediation and tolerance of humans to heavy metals through microbial processes: a potential role for probiotics? Appl Environ Microbiol. 2012, 78(18):6397. 

Sujet de Master 2 proposé dans l'équipe Dubuquoy (2)

Caractérisation fonctionnelle du pathovar Adherent-Invasif d’E.coli (AIEC).

description du projet : Le pathovar adhérent-invasif d’Escherichia coli (AIEC) est retrouvé avec une plus forte prévalence et une abondance accrue dans les muqueuses intestinales de patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. A ce jour, aucun marqueur moléculaire fiable n’est disponible et l’identification des AIECs, essentiellement phénotypique, est relativement fastidieuse. Le sujet propose la mise au point d’un criblage automatisé à haut débit utilisant la microscopie de fluorescence. Cette méthode doit permettre l’identification, la quantification et la caractérisation de la virulence de clones d’E. coli à partir de prélèvements fécaux d’un patient. Elle repose sur l’analyse quantitative d’images représentatives de l’invasion de diverses lignées de cellules épithéliales et de macrophages par des bactéries marquées. Au-delà de l’intérêt évident en termes de diagnostic et de suivi de l’évolution de la maladie de Crohn, l’outil doit pouvoir servir à évaluer la contribution synergique ou antagoniste d’autres bactéries du microbiote intestinal, mais aussi à tester l’efficacité de molécules ciblées ou de probiotiques à visées anti-inflammatoires et anti-invasives. Les résultats ainsi obtenus in vitro seront corrélés in vivo dans le modèle Caenorhabditis elegans.

Sujet de thèse proposé dans l'équipe Dubuquoy (1)

Facteurs modulant la régénération hépatocytaire dans la pathogenèse de l'hépatite alcoolique, mécanismes cellulaires et cibles thérapeutiques

description du projet :
L'hépatite alcoolique (HA) est la forme la plus grave de maladie alcoolique du foie. Sachant que 40% des patients souffrant d'HA meurent très tôt, des conséquences des lésions du foie, des progrès dans la compréhension de la pathogenèse de la maladie sont obligatoires. Les chercheurs doivent identifier les principaux mécanismes conduisant à la mort, afin de développer de futures thérapies. Nos travaux originaux antérieurs suggèrent la nécessité d'explorer les voies de la régénération hépatocytaire et de la différenciation des progéniteurs hépatiques. L'objectif de notre programme de recherche est de mieux comprendre les mécanismes cellulaires responsables du défaut de régénération que nous avons mis en évidence au cours de l'HA afin de développer les futures thérapies ciblées, grâce à un encadrement pluridisciplinaire composé de cliniciens et de chercheurs. Pour atteindre cet objectif nous disposons d'échantillons uniques de foie de patients avec HA. Des approches utilisant l'isolement et la culture cellulaire, le western-blot, l'immunohistochimie et l'édition de gènes permettront d'identifier et de disséquer les voies de signalisation impliquées dans la pathogenèse de l'HA.
Cette étude devrait permettre de changer radicalement les stratégies thérapeutiques en identifiant des cibles originales et ainsi apporter de nouvelles solutions pour la prise en charge des patients. Ce projet bénéficiera de l'encadrement scientifique, technique, matériel et infrastructurel nécessaire pour son succès.

mots-clés : hépatite alcoolique, régénération, hépatocyte, voies de signalisation, physiopathologie

compétences souhaitées : isolement et culture cellulaire, biologie moléculaire, ChIP

Sujet de thèse proposé dans l'équipe Dubuquoy (3)

Etude du rôle et du développement de la réponse immune mémoire pathologique dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin

description du projet :
Contexte
La réctocolite hémorragique (RCH) est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin qui affecte l'épithélium du côlon. Divers facteurs génétiques et environnementaux ont été impliqués, mais le mécanisme pathologique est inconnu. Notre groupe a montré que PPARg est diminuée dans l'épithélium intestinal des malades. Cependant, il reste à déterminer comment l'altération de l'expression de PPARg favorise les lésions épithéliales.
Fait intéressant, PPARg régule l'expression de la E-cadhérine, une glycoprotéine qui a été associée à la RCH par des études génétiques. La E-cadhérine est un ligand de l'intégrine CD103 exprimée sur les lymphocytes intraépithéliaux (LIE); une population de lymphocytes T mémoire résidents considérés comme les «sentinelles» de l'épithélium. Étant donné que CD103 est nécessaire pour maintenir et activer les LIE dans l'épithélium, nous avons émis l'hypothèse que, dans la RCH, leur rôle de protection pourrait être altéré.

Objectifs d'étude
Ainsi, les objectifs de l'étude sont:
1 - Evaluer l'expression de l'E-cadhérine sur les cellules épithéliales intestinales dans la RCH.
2 - Démontrer que PPARg régule l'expression de la E-cadhérine dans l'épithélium intestinal.
3 - Étudier les conséquences de la baisse de PPARg et/ou de la E-cadhérine sur l'homéostasie et l'activation des LIE.

Méthodes
Le projet combine des études descriptives, analytiques et expérimentales à la fois chez l'homme et chez la souris. L'expression de la E-cadhérine et de PPAR? dans l'épithélium colique et leurs conséquences sur les LIE CD103 + seront étudiées dans des prélèvements intestinaux de patients atteints de RCH ou d'individus contrôles. Pour démontrer que PPARg influence la rétention et l'activation des LIE nous utiliserons des souris Villin-crePPARgfl/fl qui n'expriment par le facteur de transcription dans l'épithélium intestinal. Ces souris seront également infectées par Citrobacter rodentium afin d'évaluer l'impact de PPAR? sur les LIE en contexte infectieux.

mots-clés : Crohn, Rectocolite hémorragique, inflammation chronique, intestin, lymphocytes mémoires

compétences souhaitées : Connaissances en immunologie Méthodes et techniques: cytométrie en flux, culture cellulaire, PCR quantitative

Sujet de thèse proposé dans l'équipe Gottrand (1)

Le GLP-2 : un facteur intestinotrophique pour le nouveau-né prématuré ? Etudes expérimentales chez la souris

description du projet :
Les naissances prématurées sont en constante augmentation et représentent 60 000 naissances/an en France. Le taux de naissances prématurées dans notre région est le plus élevé de France métropolitaine (9,4 % contre 7,4 % au niveau national). La prématurité d'un enfant interrompt son développement, ses organes sont présents, mais ils sont immatures. Ceci concerne principalement le cerveau, les poumons, le canal artériel et le tube digestif. L'immaturité gastro-intestinale (GI) augmente à court et moyen terme les risques d'intolérance digestive, d'entérocolite ulcéro-nécrosante (NEC) et de septicémie exposant ces nouveau-nés à un risque accru de mortalité. À ce jour, il n'existe aucun traitement pharmacologique susceptible d'améliorer la maturation et l'intégrité de la barrière intestinale chez le prématuré. Le GLP-2 est une hormone intestinale actuellement utilisée en clinique pour stimuler le renouvellement de la muqueuse intestinale et accroître ses capacités d'absorption chez des patients adultes. Ce facteur pourrait représenter une thérapeutique prometteuse en gastro-entérologie pour le prématuré. Les objectifs de ce projet seront d'évaluer : 1) l'impact du GLP-2 sur la maturation intestinale ; 2) la capacité du GLP-2 à renforcer de façon précoce l'intégrité de la barrière intestinale. Nous utiliserons un modèle original d'explant murin de tractus GI embryonnaire pour étudier les effets du GLP-2 sur la maturation intestinale. Des explants issus de souris de type sauvage et transgéniques, ainsi qu'un modèle murin de prématurité, seront utilisés. Enfin, un modèle de NEC induit par hypoxie permettra de tester les effets du GLP-2 en condition physiopathologique.

mots-clés : intestin, prématuré, maturation, GLP-2, souris, organoides

compétences souhaitées : manipulation de rongeurs, culture cellulaire, qRT-PCR, immunohistochimie

Sujet de thèse proposé dans l'équipe Gottrand (2)

Effet d'une alimentation hyper-protéique sur le renforcement de la barrière intestinale dans la maladie aiguë du greffon contre l'hôte (GvHDa)

description du projet :
L'allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (allo-CSH) après conditionnement myéloablatif (CMA, consistant en une chimiothérapie/radiothérapie intense) constitue le traitement de référence des hémopathies malignes. Chez ces patients, la GvHDa constitue la première cause de mortalité.
L'étude de la GvHDa chez la souris a révélé l'importance de l'atteinte de l'épithélium digestif et de la translocation consécutives au CMA dans l'apparition de la GvHDa.
Chez l'homme, nous avons montré que l'existence d'une citrulline plasmatique basse avant le CMA reflète la présence d'une atteinte intestinale infra-clinique qui constitue en post-greffe un facteur de risque indépendant de GvHDa. Chez les patients allogreffés la sous-alimentation et le jeûne augmentent également le risque de GvHDa. A l'opposé, nous avons montré que l'incidence et la sévérité de la GvHDa diminue chez les adultes comme chez les enfants qui reçoivent une nutrition entérale (NE) précoce après leur allo-CSH, probablement grâce à l'action trophique de cette nutrition sur l'intestin. La littérature confirme qu'en particulier, l'administration de protéines (et des acides-aminés qu'elles contiennent) par voie entérale jouent un rôle déterminant dans le maintien de la trophicité de l'intestin grêle.
Chez l'homme comme chez la souris, une alimentation pauvre en protéines entraîne également une atrophie de l'épithélium grêlique qui potentialise la translocation bactérienne. Inversement, une supplémentation en acides-aminés (ou une réalimentation entérale) supprime l'atrophie intestinale provoquée par la restriction alimentaire.
L'objectif est de démontrer qu'une alimentation hyperprotéique permet de limiter l'apparition de la GvHDa chez les souris allogreffées de moelle.

mots-clés : Chimiothérapie/Radiothérapie - Barrière intestinale - Translocation intestinale-Maladie du greffon contre l'hôte - Nutrition

compétences souhaitées : Expérimentation animale - Histologie - Immunohistochimie - Microbiologie - Cytométrie en flux - FITC dextran - qPCR - ELISA - Multiplex - SUNSET - PCNA - TUNEL

Sujet de thèse proposé dans l'équipe Gower (1)

Impacts d'un contaminant alimentaire sur le microbiote et l'homéostasie intestinale chez l'homme

description du projet :
La mycotoxine Déoxynivalenol (DON), produite par les champignons de type Fusarium, est un contaminant retrouvé dans les produits céréaliers partout dans le monde. DON cause de nombreux effets toxiques en termes de croissance, réponse immune, reproduction ou développement. Au niveau intestinal, DON affecte des fonctions immunes clés qui pourraient conduire au développement de pathologies intestinales. Le lien chez l’homme entre l’exposition à DON et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) représente le but principal de ce projet. En effet, les différents acteurs de la physiopathologie des MICI restent mal décrits. Nous émettons l’hypothèse qu’un défaut de détoxification de DON, faisant intervenir la flore intestinale et les enzymes endogènes, pourrait conduire à une susceptibilité accrue au DON chez les patients atteints de MICI. Les objectifs de ce projet sont de comparer chez des personnes saines et des personnes atteintes de MICI : 1) la cartographie de l’absorption, la distribution, le métabolisme et l’excrétion du DON, 2) la détoxification de DON par le tube digestif et les conséquences d’une exposition au DON en, terme d’homéostasie intestinale 3) les effets de DON sur la composition du microbiote intestinal ainsi que l’effet réciproque de la flore intestinale sur le métabolisme de DON in vitro. L’étude des conséquences d’une exposition orale subchronique à DON chez des souris gnotobiotiques colonisées par une flore provenant de personnes saines ou de patients atteints de MICI composera le quatrième objectif de ce projet.

mots-clés : contaminant alimentaire, microbiote intestinal, immunité, homéostasie intestinale

compétences souhaitées : rigueur, travail en équipe, motivation

Thèse proposée par le groupe FIRE de l'équipe Vermersch/Mars (1)

Rôle des Lymphocytes B dans la Physiopathologie de la Sclérodermie Systémique (B-SCLERO)

description du projet :
La sclérodermie systémique est le paradigme de maladie inflammatoire compliquée de fibrose extensive. Le système immunitaire y joue un rôle physiopathologique central. Parmi les acteurs du système immunitaire, les lymphocytes B semblent avoir un rôle important comme le suggèrent plusieurs données préliminaires et la présence d'autoanticorps. Les objectifs du projet B-SCLERO sont 1. de décrire les propriétés phénotypiques et fonctionnelles des lymphocytes B circulants et de leurs sous-populations chez des patients atteints de cette pathologie 2. d'évaluer dans un modèle expérimental de sclérodermie systémique, les anomalies phénotypiques et fonctionnelles des lymphocytes B de la peau. Des approches innovantes de type OMICs (protéomique et transcriptomique) permettront d'évaluer de manière intégrative l'impact des lymphocytes B sur les cellules responsables de la fibrogenèse aberrante, c'est à dire les fibroblastes. Ce projet permettra d'envisager des traitements ciblant les lymphocytes B dans cette pathologie, et de manière plus large dans les pathologies fibrosantes, responsables de 45% des décès dans le monde développé.

mots-clés : sclérodermie systémique, fibrose, lymphocytes B, OMICs

compétences souhaitées : Biologie cellulaire, culture, immunologie, expérimentation animale